Историята на водната топка започва в края на XIX век като демонстрация на сила и плувни умения в Англия и Шотландия, където водните спортове и състезанията са част от панаирите и местните събори. Водната топка за мъже е включена в програмата още на втората съвременна олимпиада през 1900 г.
Едно от първите съобщения за игран мач е на от 13 юли 1876 г., когато в пристанището на Борнемут се е провела среща по „воден хандбал” между 12 членове на местния клуб по гребане. Вратите са маркирани с флагове. Мачът бил наблюдаван от многобройна публика, но продължил само 15 минути, тъй като топката се спукала.
Правилата на водната топка са формулирани в края на XIX век от шотландеца Уилям Уилсън. Първоначално играта се нарича аквафутбол, но по скоро е приличала на водно ръгби, защото е било разрешено прилагането на груба сила и на похвати от борбата. Играчите са се стараели да се задържат колкото могат по-дълго под водата, за да крият топката. Гол се е признавал, когато бъде ударена палубата на лодка, изпълняваща ролята на врата. Вратарят пък стоял в лодката и скачал във водата и върху съперниците си при всеки опит да му бъде отбелязан.
Между 1890 и 1900 г. играта се разпространява в Германия, Австрия, Франция, Белгия, Унгария и Италия, като се използват британските правила. По същото време в САЩ започват да играят подобна игра, но с по-различни правила. Но и там на почит била грубата сила. Американските ватерполисти приемат европейските правила през 1914 г.
През годините промените в правилата и в техниката на игра водят и до промени в играта. През 1928 г. унгарският треньор Бела Комади въвежда „въздушния пас” или още „сухият пас”. При него топката се подава от играч на играч по въздуха, без да докосва водата. Дотогава играчите първо изчаквали топката да падне във водата и тогава играели с нея. Сухите пасове правят водната топка много по-динамична и допринасят за господството на Унгария в този спорт цели 60 години. През 1936 г. американецът Джеймс Смит усъвършенства топката, като я покрива с гума, което също допринася за развитието на този спорт. Дотогава кожените топки натежавали много по време на мачовете. През 1949 г. промяна в правилата позволява на състезателите да продължат да играят, след като съдията е свирил фаул в полза на техния отбор. Това прави играта много по-бърза и динамична. През 1970 г. е въведено едноминутно наказание при груба игра, като провинилият се напуска полето за 60 секунди и отборът му остава с човек по-малко.